对司法鉴定有争议的处理办法是：
(一)坚持申请重新鉴定 。
(二)向司法行政机关投诉反映，以达到撤销违法司法鉴定结论的目的 。
(三)主动搜集其他证据推翻鉴定结论，使得鉴定结论不能作为定案证据 。
【法律依据】
《最高人民法院关于民事诉讼证据的若干规定》第二十七条规定，当事人对司法鉴定结论有异议申请重新鉴定，需提出证据证明存在下列情形之一：
【司法鉴定有争议怎么办】(一)鉴定机构或者鉴定人员不具备相关的鉴定资格的;
(二)鉴定程序严重违法的;
(三)鉴定结论明显依据不足的;
(四)经过质证认定不能作为证据使用的其他情形 。

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